La multi-omica ha trasformato i tradizionali esperimenti di sequenziamento consentendo di analizzare simultaneamente proteine e DNA/RNA a livello di singola cellula.
A tal fine, Biolegend ha sviluppato gli anticorpi oligoconiugati TotalSeq™. I TotalSeq™ consentono infatti la misurazione simultanea di RNA o DNA e proteine a livello di singola cellula.
Ogni anticorpo è coniugato ad uno specifico oligonucleotide contenete una sequenza di cattura, una sequenza barcode clone-specifica e un PCR handle compatibile con i reagenti e strumenti per il sequenziamento Illumina®.
Per l’analisi single-cell dell’RNA e delle proteine single-cell sono disponibili 3 formati, TotalSeq™-A,-B,-C tutti compatibili con le soluzioni 10X Genomics, mentre un solo formato TotalSeq™-D è invece usato per la rilevazione di DNA e proteine.
I reagenti TotalSeq permettono la simultanea rilevazione di RNA e proteine a livello di singola cellula e si integrano perfettamente negli attuali flussi di lavoro usati per il sequenziamento come Drop-Seq e 10X Genomics.
Attualmente esistono 3 formati differenti:
- TotalSeq-A : Progettato per funzionare con qualsiasi piattaforma di sequenziamento che si basa su oligonucleotidi poly (dT) come metodo di cattura del mRNA. I TotalSeq A infatti contengono una sequenza poli(A) che mima un mRNA naturale.
- TotalSeq-B: la sequenza di cattura è compatibile con 10x Genomics Chromium Single Cell Expression Solution 3’ kit with Feature Barcode Technology (v3 or v3.1).
- TotalSeq-C: la sequenza di cattura è compatibile con 10x Genomics Chromium Single Cell Immune Profiling Solution (5’) e consente di avere informazioni sui recettori delle cellule T e B. Per saperne di più
CELL HASHING
BioLegend inoltre mette a disposizione dei ricercatori i reagenti hashtag utili per chi necessita di raggruppare più campioni in un’unica analisi.
Ogni reagente hashtag contiene un pool di anticorpi che riconosce marker espressi su tutte le cellule ed è coniugato ad un barcode unico. Per i campioni umani i marker riconosciuti sono CD298 e β2-microglobulina mentre per quelli murini sono CD45 e H-2 MHC Classe I. Per saperne di più
Il Bulk RNA-Sequencing è generalmente usato per analizzare l’espressione del RNA da una popolazione di cellule in sospensione. Sebbene i relativi protocolli di sequenziamento di singole cellule siano stati adattati per includere il rilevamento di proteine mediante sequenziamento, metodi simili non sono stati sviluppati per popolazioni di cellule intere.
Biolegend in collaborazione con Illumina ha sviluppato il metodo BEN-seq (bulk epitope and nucleic acid sequencing) che prevede lo staining delle cellule in sospensione con gli anticorpi oligo-coniugati TotalSeq prima di sequenziare l’RNA, permettendo così di rilevare l’espressione di RNA e proteine. Per saperne di più
I TotalSeq-D sono stati sviluppati per rilevare contemporaneamente DNA e proteine a livello di singola cellula. Questo permette di:
- Eseguire l’immunofenotipizzazione simultanea per determinare se le mutazioni sono associate a tipi o stati cellulari
- Scoprire nuovi target
- Collegare il genotipo al fenotipo
I TotalSEq-D sono inoltre compatibili con la piattaforma Mission Bio Tapestri e ILLUMINA. Per saperne di più
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