Multi-omica

La multi-omica ha trasformato i tradizionali esperimenti di sequenziamento consentendo di analizzare simultaneamente proteine e DNA/RNA a livello di singola cellula.

A tal fine, Biolegend ha sviluppato gli anticorpi oligoconiugati TotalSeq™. I TotalSeq™ consentono infatti la misurazione simultanea di RNA o DNA e proteine a livello di singola cellula.

Ogni anticorpo è coniugato ad uno specifico oligonucleotide contenete una sequenza di cattura, una sequenza barcode clone-specifica e un PCR handle compatibile con i reagenti e strumenti per il sequenziamento Illumina®.

Per l’analisi single-cell dell’RNA e delle proteine single-cell sono disponibili 3 formati, TotalSeq™-A,-B,-C tutti compatibili con le soluzioni 10X Genomics, mentre un solo formato TotalSeq™-D è invece usato per la rilevazione di DNA e proteine.

I reagenti TotalSeq permettono la simultanea rilevazione di RNA e proteine a livello di singola cellula e si integrano perfettamente negli attuali flussi di lavoro usati per il sequenziamento come Drop-Seq e 10X Genomics.

Attualmente esistono 3 formati differenti:

  1. TotalSeq-A : Progettato per funzionare con qualsiasi piattaforma di sequenziamento che si basa su oligonucleotidi poly (dT) come metodo di cattura del mRNA. I TotalSeq A infatti contengono una sequenza poli(A) che mima un mRNA naturale.
  2. TotalSeq-B: la sequenza di cattura è compatibile con 10x Genomics Chromium Single Cell Expression Solution 3’ kit with Feature Barcode Technology (v3 or v3.1).
  3. TotalSeq-C: la sequenza di cattura è compatibile con 10x Genomics Chromium Single Cell Immune Profiling Solution (5’) e consente di avere informazioni sui recettori delle cellule T e B. Per saperne di più

 

CELL HASHING

BioLegend inoltre mette a disposizione dei ricercatori i reagenti hashtag utili per chi necessita di raggruppare più campioni in un’unica analisi.

Ogni reagente hashtag contiene un pool di anticorpi che riconosce marker espressi su tutte le cellule ed è coniugato ad un barcode unico. Per i campioni umani i marker riconosciuti sono CD298 e β2-microglobulina mentre per quelli murini sono CD45 e H-2 MHC Classe I. Per saperne di più

Il Bulk RNA-Sequencing è generalmente usato per analizzare l’espressione del RNA da una popolazione di cellule in sospensione. Sebbene i relativi protocolli di sequenziamento di singole cellule siano stati adattati per includere il rilevamento di proteine ​​mediante sequenziamento, metodi simili non sono stati sviluppati per popolazioni di cellule intere.

Biolegend in collaborazione con Illumina ha sviluppato il metodo BEN-seq (bulk epitope and nucleic acid sequencing) che prevede lo staining delle cellule in sospensione con gli anticorpi oligo-coniugati TotalSeq prima di sequenziare l’RNA, permettendo così di rilevare l’espressione di RNA e proteine. Per saperne di più

 

I TotalSeq-D sono stati sviluppati per rilevare contemporaneamente DNA e proteine a livello di singola cellula. Questo permette di:

  • Eseguire l’immunofenotipizzazione simultanea per determinare se le mutazioni sono associate a tipi o stati cellulari
  • Scoprire nuovi target
  • Collegare il genotipo al fenotipo

I TotalSEq-D sono inoltre compatibili con la piattaforma Mission Bio Tapestri e ILLUMINA. Per saperne di più

 

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